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<Nucl. Acids Res.>: 赫尔辛基生物医学研究所的陈平博士发明针对外显子芯片计算的新方法
07/12/2011
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<Nucl. Acids Res.>: 赫尔辛基生物医学研究所的陈平博士发明针对外显子芯片计算的新方法
基因中外显子的不同匹配方式产生了不同的可变剪切,这对于调节基因表达和产生蛋白质组多样性具有关键意义。高通量测定不同可变剪切的表达量则是目前研究可变剪切和外显子表达变化的困难所在。
外显子芯片通过探针检测转录物中外显子的信号,使高通量定量计算可变剪切成为可能。陈平博士及其同事设计了新的算法,通过贝叶斯模型对芯片数据进行预处理并结合线性代数的方法最终实现外显子,可变剪切体及基因三个层面的表达定量。实验证明该方法比现有的计算方法有更高的计算效率,并且提供了直接定量计算可变剪切的方案,从而为生物学研究,特别是可变剪切层面的定量计算提供了重要的实验工具。
该文章发表在于2011年7月发表于《核酸研究》(<Nucl. Acids Res.>,2010影响因子:7.836)。
详细信息请见链接:
http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/07/09/nar.gkr513.abstract?sid=c03f150f-6156-47a0-a7f8-b6626bfbf5fc
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